Grégoire de Tours nous mentionne également que son oncle, l’évêque Nizier, est enterré dans cette église aux côtés des Saints Rusticus, Viventiolus, Sacerdos et Priscus ainsi que l’évêque d’Arles. 

Des miracles ont lieu sur son tombeau, ce qui a donné lieu à un culte dédié à Saint-Nizier. Durant les VIe et VIIe siècle, les évêques de la ville se font enterrer dans cette église. La présence des tombes des évêques est un des éléments venant étayer l’hypothèse de la présence d’un groupe cathédral à cet endroit.

D’autres sources permettent d’alimenter l’histoire de l’église primitive : le Martyrologue d’Adon, à l’époque Carolingienne, mentionne la basilique des Martyrs et l’église des Saints-Apôtres ainsi que des textes datés du bas Moyen-Âge qui font le lien entre l’église des Saints-Apôtres et Saint-Nizier. Mais l’absence de fouilles archéologiques ne permet pas de confirmer ces dires et nous n’avons à ce jour aucune information quant aux caractéristiques de l’édifice.

On sait cependant que sous Léidrade, à la fin du VIIIe siècle-début du IXe siècle, l’église, qui a été mise à mal par les Sarrasins, est reconstruite. Il nous en laisse un témoignage dans sa lettre à Charlemagne où il indique avoir restauré Saint-Jean, Saint-Etienne et « reconstruit à nouveau » Saint-Nizier. On sait, d’après ce document, qu’à cette date l’église est organisée autour d’une abbaye canoniale. A la différence des abbayes monacales, les religieux des abbayes canoniales ne pas soumis au vœu de pauvreté.

En 1251-1252, les chanoines de l’église obtiennent du Pape Innocent IV une bulle qui déclare que la cathédrale primitive ainsi qu’un premier autel dédié à la Vierge datant de Saint-Pothin, se situait à l’emplacement de l’église actuelle. A cette date, l’abbaye, qui, comme nous l’avons dit n’était pas soumise au vœu de pauvreté, a accumulé de nombreuses richesses, ce qui va provoquer la colère des Vaudois qui l’incendient en 1253.

La Construction de l’Église Saint-Nizier

Si on ne sait que peu de choses sur la première église, que ce soit son plan ou sa localisation, on peut en revanche dater le début de l’histoire de l’église d’aujourd’hui au début du XIVe siècle. Le 25 mars 1306, l’archevêque de Lyon Louis de Villars fait de Saint-Nizier une collégiale et y installe un chapitre de 16 chanoines qui aura la charge de la paroisse de la Presqu’ile. Son cloître est situé au sud de l’église, jusqu’à la rue de la Poulaillerie. Cette fondation est confirmée en 1308 à la demande du chapitre Saint-Jean qui souhait y être associé. Lors de la cérémonie de confirmation, les tombes des évêques des 6e et 7e siècles sont reconnues.

La Reconstruction depuis la Fin du XIVe Siècle

L’état de vétusté de l’église existante entraine une série de travaux de reconstruction. La date de commencement des travaux est incertaine et le déroulement du chantier est mal connu. Même si l’on suppose que le chantier débute vers la fin du XIVe siècle, aucun document ne vient confirmer cette hypothèse.

On sait cependant que le 15 octobre 1434, le Consulat autorise la construction, à ses frais, d’un nouveau clocher (l’actuelle tour Nord) pour remplacer l’ancien clocher porche, et en 1452, le chapitre de la cathédrale Saint-Jean autorise les chanoines de Saint-Nizier à extraire de Fourvière des pierres calcaires (le choins) destinées aux fondations de ce clocher que l’on peut encore voir aujourd’hui. Sa construction durera plus de 30 ans, de 1450 à 1481, date à laquelle l’ancien clocher est détruit. Il fera office de beffroi à la ville.

En parallèle de l’édification du clocher, la nef est reconstruite puis se sont les premières chapelles latérales, celles correspondant aux trois premières travées construites de la nef. Au cours du XVIe siècle, la nef est prolongée et couverte pour partie, ainsi que le chœur.  La décision de construire un portail est prise en 1538.

En 1562, lorsque le Baron des Adrets, accompagné des troupes protestantes entre dans la ville et la saccage, l’église Saint-Nizier n’est pas terminée et, comme de nombreuses églises à Lyon, elle subit les foudres des pillards : l’église est très endommagée,  les tombeaux et les restes de évêques, dont Saint-Nizier, saccagés.

En 1578, l’architecte Jean Vallet est chargé de reprendre la construction de l’église selon les plans d’origine. L’année suivante, la première pierre du portail, celui que l’on peut voir aujourd’hui, est posée. Il sera terminé en 1590, en même temps que le bas-côté sud. Quant à la tour sud, si les travaux ont bien commencés, elle reste inachevée, tout comme la façade renaissance et ne sera terminée qu’au XIXe siècle.

Jean Vallet sera sans doute également à l’origine de la façade Renaissance que l’on connaît aujourd’hui, même si celle-ci a longtemps été attribuée à Philibert de l’Orme.

La Série de Travaux du XIXe Siècle

La Révolution et le siège de Lyon qui s’en suivit ont causé de nombreux dégâts à l'église Saint-Nizier. En 1793, lors du siège par les armées de la Convention, la ville est bombardée : la toiture et le clocher de l’église sont touchés et l’église est également vidée de son mobilier. L’église est fermée au culte et servira par la suite de dépôt de farine. En 1796 un projet est avancé qui prévoit de démolir le chevet afin de transformer Saint-Nizier en passage couvert où les chapelles latérales accueilleraient des boutiques. Ce projet ne verra pas le jour et l’église sera rendue au culte en 1802.

L’état de délabrement dont souffre l'église Saint-Nizier va entrainer, au cours du XIXe siècle, un vaste programme de restauration. Cela commence dès 1797-1798, date à laquelle le cimetière et les constructions qui se trouvent au chevet de l’église sont supprimés afin de créer une place publique.

Dans un premier temps, de nouveaux bâtiments seront construits. C’est l’architecte Louis Cécile Flacheron, architecte de la ville, qui est chargé des plans : il prévoit d’édifier au niveau du chevet de l’église un ensemble gothique qui abritera une sacristie et des boutiques qui fourniront à la paroisse des revenus supplémentaires. La sacristie est terminée en 1819 et les boutiques construites en 1824 sous la responsabilité de Bernard Seitz, architecte de la ville.

Entre 1825 et 1839, c’est l’architecte Jean-Marie Pollet, qui est notamment intervenu à la Charité et à l’Opéra, qui est chargé de suivre le chantier de restauration et plus particulièrement l’intérieur : chapelles latérales, décors intérieurs, restauration du mobilier, création d’une communication entre le chœur et la crypte située en dessous. Il projette également la restauration et l’achèvement de la façade, mais le chantier est stoppé à la mort de l’architecte.

A partir de 1846, le chantier est placé sous la responsabilité de Claude-Anthelme Benoit. En 1846, la décision est prise de percer la rue Centrale, l’actuelle rue de Brest, afin de relier la place des Terreaux et la place Bellecour et de créer une place devant l’église. Cette décision relance le chantier de construction de la façade. C’est la municipalité, face au désintérêt montré par la Commission des Travaux Historiques concernant la façade de Saint-Nizier, qui finance les travaux d’achèvement : réfection du sommet et surélévation de la flèche de la tour Nord ; le clocher sud, inachevé, est surmonté d’une flèche en pierre et terminé en 1856 ; en 1859 la Vierge que l’on peut voir au sommet du fronton de la façade est installée.

Durant la seconde moitié du XIXe siècle, des vitraux sont posés dont certains sont réalisés par Lucien Bégule. En 1893-1894, les deux flèches sont réparées. En 1883-1884, la crypte mérovingienne disparait définitivement au profit d’une nouvelle crypte faisant office d’église souterraine.

Descriptif architectural de l’église actuelle

L’église, entièrement construite en blocs de calcaire, mesure 74 mètres de long sur 28 mètres de large pour une hauteur de 29 mètres. Elle est classée Monument Historique en 1840.

Extérieurs

L’élément le plus caractéristique de l’église Saint-Nizier est à la présence de ces deux tours, unique à Lyon, asymétriques. La première, à gauche est datée du XVe siècle. Elle est surmontée d’une toiture de tuile rouge et possède une horloge dont on peut voir les deux cloches. La seconde, à droite, est datée du XIXe siècle. Légèrement plus haute que la première, elle est dominée par une flèche sculptée dans le calcaire et décorée d’une rosace qui fait écho à l’horloge de la tour Nord.

Ces deux tours encadrent l’imposant portail de style Renaissance, longtemps attribué à Philibert de l’Orme, mais sans doute l’œuvre de Jean Vallet. Au centre se trouve la grande porte avec au-dessus une inscription latine signifiant : "dans son temple tous proclament sa gloire". Elle est entourée de part et d’autre par deux colonnes et une niche, vide, mais qui, à l’origine était destinée à recevoir une statue.

Les deux textes en latin que l’on peut voir à la base de chacune des niches retracent pour l’un la remise des dix commandements à Moïse (gauche) pour l’autre la parable des mauvais vignerons (droite).

Cet ensemble est dominé par la voûte en cul de four qui participe à définir l’identité visuelle de Saint-Nizier. Elle est ornée d’un décor caissonné de chérubins et de roses avec en clé Dieu le Père. Au-dessus de la voûte se trouve un fronton de style néogothique portant 4 statues : Saint-Nizier en bas, puis, en remontant,  Sainte-Anne (à gauche) et Saint-Joachim (à droite), les trois étant réalisées par le sculpteur Joseph-Hugues Fabish, et enfin au sommet, la Vierge portant l’enfant Jésus bénissant, sculptée par Jean-Marie Bonnassieux. Dans la partie centrale du fronton, on peut voir une baie ouvrant sur la nef et une fenêtre géminée ajourée.

Notons également la présence des arcs boutants, caractéristiques de l’architecture gothique, sur chacune des façades latérales et que l’on peut facilement admirer en longeant la rue de la Fromagerie. Quant au chevet, il continue d’accueillir une activité commerciale, aujourd’hui un fleuriste.

La Nef et les Chapelles Latérales

La nef principale de l’église actuelle est divisée en six travées et bordée sur ses bas cotés (ou nefs latérales) de neuf chapelles. On retrouve également une chapelle de chaque côté du transept et de part et d’autre du chœur.

La nef principale

La nef principale est divisée en six travées dont les clés de voûtes sont sculptées des armoiries des donateurs. On peut également y admirer un très beau triforium. Au-dessus de la porte se trouve l’orgue de l’église style gothique et réalisé en 1885 par le facteur Joseph Merklin.

La nef latérale sud (à droite lorsque l’on rentre dans l’église)

Le bas-côté sud est bordé de quatre chapelles :

• la chapelle Sainte Philomène où l’on trouve, outre une représentation du baptême du Christ et de Sainte Philomène, un vitrail et une statue du curé d’Ars. A noter que la petite partie au sommet du vitrail où l’on peut voir les clés de Saint-Nizier est l’unique vestige des vitraux existant avant la Révolution,
   
• la chapelle Sainte Catherine, dont l’iconographie met en scène des épisodes de la vie de la Sainte,

• la chapelle Saint Joseph avec un autel représentant la Sainte Famille, et des représentations de l’épisode de la fuite en Egypte,

• la chapelle Sainte Elisabeth, où l’on peut voir notamment la console du grand orgue de l’église.

Nef latérale nord (à gauche lorsque l’on rentre dans l’église)

Cinq chapelles longent le bas-côté-Nord :

• les fonds baptismaux avec un bas-relief représentant la descente du Saint-Esprit dans l’âme de l’enfant baptisé,
   
• la chapelle des Saints Anges, et son autel de marbre blanc. Le vitrail figure le Christ au désert servi par les Anges,
   
• la chapelle Saint Louis de Gonzague : l’autel est de style néogothique, et les vitraux représentent différents épisodes de la vie du Saint,

• la chapelle Saint François de Salle dont les vitraux mettent en scène la vie du Saint. C’est dans cette chapelle que repose Barthélémy Buyer, célèbre imprimeur lyonnais,
   
• la chapelle Sainte Trinité, où l’on peut y voir un très bel autel de marbre blanc et un retable sculpté. C’est dans cette chapelle que se réunissait la Confrérie du même nom, l’une des plus anciennes de Lyon et qui comptait parmi ses membres de grandes figures locales, notamment les échevins de la ville. Les vitraux, de Lucien Bégule, mettent en scène cette Confrérie.

Le transept

Chacun des bras du transept est prolongé par une chapelle :

• au Nord : la chapelle Saint-Pothin avec la statue en marbre du Saint sculptée par Joseph Chinard au début du  XIXe siècle.

Le Choeur